乙肝的治疗经历了漫长的发展过程，早60年代人类就发现了乙肝病毒，1992年，FDA才正式批准干扰素用于慢性乙肝的抗病毒治疗，成为第一个治疗乙肝的药物。1998年，第一个核苷类似物药物拉米夫定进入临床并被FDA批准用于乙肝的治疗。由于认识上的局限性，当时很多人认为乙肝基因(HBV DNA)的下降或抑制就是乙肝治疗疗效的体现。拉米夫定治疗时HBV DNA水平的下降比较明显，而干扰素治疗乙肝时HBV DNA的下降则比较慢，因此，有很多人放弃了干扰素这个经典的抗病毒药物，而选择了拉米夫定这样的治疗方案。然而，好景不长，随着用药人数的增加，拉米夫定治疗的缺陷性很快被暴露了出来，经过漫长的治疗，在很多本来治疗有效的患者中，拉米夫定不再有效，甚至某些患者在停药后还出现了肝炎的大爆发，这时人们才认识到，拉米夫定只能单纯的抑制住病毒，并不能清除病毒，接受该药治疗的患者必须长期服用，而且，随着用药时间的延长，该药诱导的病毒变异也会越来越多，因此，人们再把眼光投向干扰素，投向对一些低耐药率药物的研发中。临床治疗也重新回到持久缓解还是长期抑制的矛盾选择之中。
发展到今天，乙肝的治疗已经比较清晰，共有两种正规的抗病毒治疗方案，一种是核苷类似物的单纯抑制病毒的治疗方案，一种是具有免疫调节和直接抗病毒双重作用的干扰素抗病毒治疗方案。
核苷类似物的特点是直接抑制病毒，而且抑制作用很强，用药后HBV DNA下降非常迅速，但该类药物也有其明显的缺点，那就是他们只能抑制病毒，不能清除病毒，长期使用还有耐药变异的风险，而且随着用药时间的延长耐药变异的比例也越高，因此，一旦选择这类药物进行治疗，就必须维持服用以达到长期抑制的作用，不能随意停药，一旦停药，药物的抑制作用就会停止，病情就有可能反弹，甚至会面临肝炎爆发的危险。对于干扰素的治疗方案则没有这种问题，干扰素具有免疫调节和直接抗病毒双重作用，干扰素的治疗作用尤其是免疫调节作用会在治疗结束后持续存在，因此，其疗效更持久，复发率更低，再加之其固定的疗程，没有耐药的风险，目前在选择治疗方案时，尤其是在新型聚乙二醇干扰素出现之后，临床上往往首先尝试干扰素治疗，以追求持久的病情缓解，如果干扰素治疗失败再进行核苷类似物治疗。
既往限制干扰素疗效的最重要原因是传统的干扰素(又称普通干扰素)半衰期太短，在血液内浓度不稳定，注射后浓度上升很快，但下降也很快，浓度过高时副作用会过大，浓度过低时又起不到相应的治疗效果。后来随着生物制药技术的发展，聚乙二醇化技术被应用于干扰素的改良，通过聚乙二醇化技术使干扰素的分子量得到增大，从而使干扰素的半衰期得到明显延长，血药浓度变得更加稳定(这一点在40KD的聚乙二醇干扰素a-2a更为明显)，从而临床疗效得以明显提高(从12%左右提高到32%左右)，也使聚乙二醇干扰素成为乙肝治疗中新热点。
