生殖器疱疹的症状偶尔有再出现,即再发作。这是由于倘若感染了此病毒,病毒将长时期存活人体内。绝大多数时间,病菌呈不运动状态,但它能够经常再活动,并引发疱疹又一次发作。任意一个体的又复发性有很大差异,一些人从未有过复发,一些人可每年又复发多次。可是,与首次发作时比较,再发作时一般病程不长,病情较轻。
有的情况或状态可触发疱疹的复发,也能够避免或减小疱疹再发作的触发因素。这一些因素包含工作时或家庭中的情绪紧张、疲惫、患其他病症、休息时间不够或睡不着、性生活时的局部磨擦和女性的月经。再发作的表现差别非常大。在有过由 HSV-2 引发的初发病人中,大概 80% 的病人将最少有一次复发,而在由 HSV-1 感染者中,仅有 50% 的病人将出现复发。在绝大多数状况下,复发是突发性的(大约每年 4 次),但有小部分病人复发将频繁复发。