卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。
经确诊为卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
保留子宫血管的子宫切除术是广州仁爱医院最新推广运用的一类新型手术方式，即切除子宫时保留子宫动脉的上行支。研究表明，传统子宫切除可影响卵巢的血液供应，加速卵巢功能衰竭的进程，而且术后有可能发生残留卵巢综合征。子宫动脉上行支供给卵巢的血液约占卵巢血供的50%～70%，更有10%的人其卵巢的血液主要由子宫动脉供给。行子宫切除的妇女(绝经前)，其卵巢衰竭的年龄将比自然绝经者早4年，而且34%的妇女在术后2年内出现卵巢衰竭和更年期症状，且重度更年期症状的发生率明显高于正常人群。因此，保留子宫血管的子宫切除术能最大限度地减少子宫切除术对卵巢血液供应及解剖位置的影响，延缓卵巢功能衰竭及残留卵巢综合征的发生。
